首先，明确回答问题：在Windows操作系统中，应用程序窗口与对话框的主要区别体现在它们的功能、用途以及交互方式上。

关于功能方面，应用程序窗口是运行中的程序的主要界面，它提供了程序的核心功能和操作选项。例如，在Word文档中，应用程序窗口包含了菜单栏、工具栏、编辑区等，用户可以在这个窗口内进行文档的编辑、格式调整、保存等操作。而对话框则是程序运行过程中，根据需要弹出的辅助窗口，通常用于向用户展示信息、接收用户输入或提供特定的操作选项。例如，在Word中，当用户选择“文件”菜单下的“打开”选项时，会弹出一个对话框，用于选择需要打开的文档。

在用途上，应用程序窗口是程序运行的主要平台，它承载了程序的主要功能和用户的大部分操作。对话框则更像是一个“助手”或“中介”，它在特定时刻出现，以辅助用户完成某些任务或作出决策。比如，在安装软件时，程序会弹出一系列的对话框，引导用户完成软件的安装过程，包括阅读许可协议、选择安装路径、设置快捷方式等。

在交互方式上，应用程序窗口通常更加灵活和复杂，它支持多种交互操作，如拖拽、缩放、多窗口切换等。用户可以在应用程序窗口内进行长时间、多任务的操作。相比之下，对话框的交互方式更加简单和直接，它通常包含一组预定义的选项和按钮，用户只需作出选择或输入必要的信息，然后关闭对话框即可。例如，在Windows系统的“运行”对话框中，用户输入要执行的命令或程序路径，然后点击“确定”按钮，系统就会执行相应的操作。

总的来说，应用程序窗口和对话框在Windows系统中各有其独特的作用和特点。应用程序窗口是程序运行的主阵地，提供了丰富的功能和交互体验；而对话框则是程序与用户之间的桥梁，用于在特定情境下传递信息、接收指令或辅助决策。两者共同构成了Windows系统丰富多样的用户界面体验。