农村合作医疗可以在商业保险报销后继续进行报销。但报销时需要先报销新农合，因为新农合需要看到原始的医疗费用发票。完成新农合的报销后，会得到一张盖有单位公章的结算单，再凭此单以及其他资料去报销商业保险即可。虽然新农合和商业保险的性质不同，但两者的报销并不会冲突。

商业保险是以盈利为目的的保险，和新农合这种社会保险具有很大的区别。商业保险是由保险公司经营的，通过保险合同来反映保险关系。商业保险的对象不仅包括人，还包括各种有形和无形的物品。商业保险的经营目标就是为了盈利，以获取最大限度的利润，来保障被保险人享受更大程度的经济保障。

商业保险的投保关系完全是自主决定的，不存在强制性。而社会保险则是有强制性的，符合法定条件的公民和劳动者要缴纳保险费用才能得到保障，这是国家立法规定的。