根据工商公开信息查询，支付宝第一大股东是杭州君瀚股权投资合伙企业，拥有支付宝28.45%的股份。排名第二的大股东是君澳股权投资合伙企业，拥有支付宝21.53%的股份。君瀚股权的第一大股东是杭州君洁。从名字上看，都是君字开头，对于幕后人不言而喻。
杭州君洁的股份完全掌握在阿里巴巴高管手中，其中掌握杭州君洁0.47%的杭州云铂投资由马云百分百控股。虽然马云占据的股份较少，但因为马云利用合伙人制度，以微量的股份牢牢掌控了杭州君洁，毕竟其他阿里巴巴高管虽然占据了大量股份。
但因为其有限合伙人的身份，对公司没有决策以及管理权，而马云却因其普通合伙人的身份，拥有以上权限。由此可见，支付宝背后的掌控人依然是马云。虽然马云掌控支付宝，但第一大股东却不是他，而是杭州君瀚，这个你没有听过的公司。
【拓展资料】
支付宝刚刚成立的时候，的确是属于阿里巴巴的，在2010年的时候才剥离支付宝，当时支付宝是支付平台，需要有第三方支付牌照，而阿里巴巴的股东都是外国投资者，支付宝也就无法获得支付牌照，但是马云看到了其中的问题，如果支付宝不能取得支付牌照，那么阿里巴巴可能也会跟着受损，于是就让支付宝直接剥离，成为一个独立的品牌，成为百分百国资品牌。
同时因为阿里巴巴由外资控股，为了国民信息安全，马云直接绕过阿里巴巴董事会也就是当初的软银和雅虎，直接让支付宝独立于阿里巴巴之外。这就是当初闹得沸沸扬扬的支付宝独立事件。马云直接拆分支付宝与阿里巴巴的做法，让马云蒙受了巨大的舆论压力，当年美团老板王兴曾指责马云这次做法损害了中国商人的信誉。但站在国家的角度上看，马云这一做法保全了国民信息，不至于让亿万国人的信息被外国人拿走。