超级计算机和普通计算机在功能和目的方面存在着巨大的区别。超级计算机的主要目的是进行超高速计算，满足模拟核爆炸、天气预报、地震分析、油气勘探分析等海量计算需求，因此速度是其设计制造的主要目标，成本不是最重要因素。而普通计算机则主要用于满足个人文档及业务处理等需求，需要在性价比上做出折衷，既要满足日常工作需求，又要控制成本，没有必要做到太高的速度和容量。超级计算机和普通计算机的主要部件容量和性能也有差别，超级计算机通常采取大量使用并行设备的方式来实现高性能，而普通计算机一般只配备1个处理器，并且部件通用性、兼容性更好。此外，超级计算机通常采用专门开发的操作系统，能够同时处理很多大型计算任务，而普通计算机的操作系统则通用性更好，需要支持大量的各类型外部设备。